Você mencionou especificamente que possui arquivos duplicados, portanto, é importante ressaltar que, em geral, os formatos de compactação do sistema de arquivos ou do archive não eliminam a redundância entre os arquivos duplicados. A exceção é tar.gz, mas mesmo assim não fará grande diferença no espaço ocupado pelos arquivos duplicados. Se os arquivos duplicados são o motivo principal que você deseja compactar, seria melhor fazer algo como executar um localizador de arquivo duplicado sobre ele e remover ou vincular qualquer duplicata (consulte aqui ).
Se você precisar apenas compactar uma vez, e não precisar de acesso contínuo para gravar novos arquivos no arquivo, é mais fácil apenas zipar (você pode usar o 7-zip). Observe que, na maioria das unidades das pessoas, atualmente a maior parte do espaço é ocupada por formatos de arquivo que não são compactados (por exemplo, filmes, fotos).