Os pacotes ainda podem ser atualizados, se uma versão mais nova do pacote estiver disponível em um repositório diferente que ainda esteja incluído na listagem de fontes.
No entanto, sim, a remoção de um arquivo desse diretório resultará na perda de todos os repositórios listados nesses arquivos, na próxima vez que o cache for atualizado com apt update . Isso significa que você não poderá mais instalar pacotes desses repositórios, e quaisquer pacotes instalados a partir de lá que não estejam disponíveis em outros repositórios, serão deixados instalados sem nenhuma maneira de atualizar, até que o gráfico de dependência seja quebrado e eles precisem ser removido (como ao atualizar de uma versão do Ubuntu para a próxima).