Uma solução é informar ao dhcp-server para não iniciar automaticamente e, em seguida, adicionar as duas linhas seguintes ao arquivo /etc/network/interfaces
para a definição de ponte
post-up /etc/init.d/dhcp3-server start
pre-down /etc/init.d/dhcp3-server stop
Então, vai ficar parecido com isso
iface br0 inet static
bridge_ports eth0 eth1
address 192.168.1.2
broadcast 192.168.1.255
netmask 255.255.255.0
gateway 192.168.1.1
post-up /etc/init.d/dhcp3-server start
pre-down /etc/init.d/dhcp3-server stop
Desta forma, o gerenciamento de rede (ifup / ifdown, NÃO network-manager) iniciará o servidor DHCP depois de ativar a ponte e desligará antes de remover a ponte.