Por que você tentaria usar uma ferramenta para NTFS em um sistema de arquivos que não é NTFS?
Exfatfsck deve ser usado para verificar o exFat. Lembre-se de que essa ferramenta só pode ser usada para executar uma verificação. Testdisk pode recuperar dados do exFat, mas isso também não corrige seu sistema de arquivos.
Mas não existe uma ferramenta nativa do Linux para reparar o exFat. Use o Windows para corrigir o problema.