Eu tenho exatamente o mesmo problema em um Sony Vaio com o Xubuntu 16.04, mas o botão esquerdo do mouse para de funcionar a cada três horas, tanto no touchpad quanto no mouse externo. Até à data eu tenho saído e novamente para consertá-lo. Recentemente eu encontrei esta alternativa.
sudo modprobe -r psmouse
sudo modprobe psmouse proto=imps
Funciona bem para o mouse externo, mas o touchpad fica lento e para de rolar. No entanto, depois de entrar nos comandos, o enforcamento nunca me incomoda, nem mesmo depois de um dia de trabalho completo.