Eu tive exatamente o mesmo problema. Veja como resolvê-lo. Abra um terminal e digite:
sudo add-apt-repository ppa:raof/aubergine
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
... e quando a atualização / atualização estiver concluída, reinicie seu sistema e VOILA! O mouse (incluindo o clique esquerdo) funciona.