Não está na estrutura /etc/rc* - isto é, na inicialização do sistema, nas transições de nível de execução e NÃO no material do usuário. Quando os scripts rc estão em execução, o sistema é apenas parcialmente iniciado, o único UID é 0 ( root ).
Eu corro updatedb do meu crontab , às 02:05 diariamente. Aqui está a linha do meu crontab :
02 05 * * * /usr/bin/updatedb -l 0 -o /home/w3/var/mlocate/mlocate.db -U /home/w3
Observe que esse trabalho cron deve ser programado para ser executado por vez quando o usuário w3 estiver conectado e o diretório não criptografado estiver montado.