Quando um aplicativo X11 não responde (não espera por mensagens no pipe X11), o sistema mostra a janela correspondente em cinza assim.
O motivo é geralmente porque o aplicativo está fazendo algum trabalho por um tempo, um tempo considerado muito longo pelo X11.
Neste caso, é provavelmente a coleta de dados do conjunto de arquivos instalados e isso é muitos arquivos e pode ser lento. Depois de alguns segundos, ele deve acordar. Caso contrário, verifique a atividade do disco. Enquanto o disco estiver ocupado, eu não me preocuparia com isso. Se a atividade do disco parar e a tela ficar cinza por mais de 10 segundos, provavelmente está morta (algo quebrado no aplicativo, mas ele não foi encerrado, portanto a janela permanece ativa, mas não é utilizável).
Como uma observação, isso acontece comigo com o meu sistema de e-mail, porque de vez em quando leva muito tempo conectando e baixando e-mails. Isso pode acontecer com meu navegador porque um JavaScript é muito lento e bloqueia todo o aplicativo ...