Acho que você ainda estava limpando a tabela de partições e o sistema de arquivos anteriores quando tirou a unidade (desconectou-a). Esse tipo de sobrescrita leva muito tempo.
Os arquivos em
/dev/disk/by-id
são arquivos especiais criados pelo sistema. Você não deve mexer neles, mas acho que eles são criados novamente, quando você reinicia seu computador.
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Deve funcionar para criar uma nova tabela de partições e um sistema de arquivos na sua unidade USB. Eu sugiro que você instale o mkusb e use as opções no menu de limpeza de acordo com os links a seguir
Dessa forma, você pode limpar o primeiro megabyte (para ter certeza de obter um bom sistema sem nenhum dado perturbador) e usar qualquer ferramenta para criar uma nova tabela de partição e sistema de arquivos. Você também pode deixar o mkusb fazer todo o trabalho e criar uma tabela de partições mais um sistema de arquivos NTFS, o que você deseja. A opção NTFS no menu de limpeza funciona para todos os tamanhos de unidades , também maiores que 2 TB.