Excluir não corrompe o conteúdo do arquivo. Ele apenas remove a meta informação, então este é um processo todo ou nenhum. Se você souber a contagem de arquivos, verifique se algo está faltando.
Existe uma chance (já que o alvo era uma pasta enorme) que nada é perdido porque o processo precisa de uma pesquisa recursiva e identificar quais arquivos devem ser removidos e com uma pasta enorme esse processo leva algum tempo.