Suponho que você tenha instalado a versão beta do CUDA 8 e agora você está tentando instalar a versão estável. Eu tive um problema semelhante.
Tente usar o --force-overwrite
flag
sudo dpkg -i --force-overwrite cuda-repo-ubuntu1604-8-0-rc_8.0.27-1_amd64.deb
na tela seguinte, selecione Y
para confirmar a sobregravação.