Por que não usar o lixo interno?
É melhor e lida com links simbólicos e arquivos duplicados corretamente, e ele aparecerá no gerenciador de arquivos da GUI.
Para mover um arquivo para a lixeira, use o comando interno gvfs-trash $file ou trash-put de trash-cli . Para restaurar o uso restore-trash do mesmo pacote. trash-list pode listar os arquivos na lixeira.