Partições persistentes não funcionam com instalações do tipo syslinux, (SDC, Unetbootin, Pendrivelinux, Universal) desde 14.04.
Se você quiser usar partições persistentes hoje em dia, você precisa usar um instalador do tipo grub2, (mkusb ou dus).
O Mkusb pode fazer partições persistentes e formatar qualquer espaço restante para o NTFS para que ele possa ser usado pelo Linux ou pelo Windows.
Editar agosto / 2017 - arquivos de persistência > 4 GB
O Syslinux começou a adicionar suporte para NTFS com a versão 4.06, mas não ofereceu suporte completo até a versão 6.03.
O UNetbootin-655 usa o Syslinux 4.03 e é limitado a arquivos de persistência de 4GB por FAT32.
MultiBootUSB - 8.8 usa o Syslinux 4.07 e instala em NTFS, os arquivos de persistência não estão limitados a 4GB.
O Rufus 2.16 usa o Syslinux 6.03 e será instalado no NTFS, os arquivos de persistência não são fornecidos, mas podem ser adicionados manualmente e não estão limitados a 4 GB.
YUMI - 2.0.4.9, (MultiBoot USB), usa o Syslinux 6.03 e instala em NTFS, os arquivos de persistência não estão limitados a 4GB. Como o MBUSB 8.8, ele pode ter arquivos de persistência para cada distro instalada.