Então, você tem o Ubuntu A e o Ubuntu B. Digamos que você inicialize no Ubuntu A que você deseja manter. Abra o GParted, desmonte a partição com o Ubuntu B, selecione a partição swap (se houver), clique com o botão direito do mouse sobre ela e escolha swapoff. Swapoff é importante, então não perca. Selecione a partição com o Ubuntu B e exclua essa partição. Aplicar mudanças.
Abra uma janela do Terminal e digite:
% bl0ck_qu0te%Feche o Terminal e reinicie. Após a reinicialização, apenas um Ubuntu (ex-A) deve aparecer no menu de inicialização.