O problema foi com os arquivos na partição UEFI. Esta resposta fez isso por mim: link
Horay!
Curiosamente, no meu Surface Pro 3, uma instalação LiveCD do Ubuntu (15.10) seria inicializada sem problemas.
No entanto, uma instalação completa em um SSD USB3 (no modo UEFI ou não UEFI) com ou sem Secure Boot falharia no carregamento. Eu fiz as instalações instalando-as através do Virtual Box e tendo o SSD exposto ao sistema operacional convidado (disco do instalador do Ubuntu).
Alguém sabe qual é a diferença na cadeia de inicialização para LiveCDs e instalação completa? Posso obter uma instalação completa com uma cadeia de inicialização semelhante ao LiveCD para que ele seja inicializado no Surface Pro?
O problema foi com os arquivos na partição UEFI. Esta resposta fez isso por mim: link
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