Obviamente, rodar o Nautilus como sua conta root local (com sudo, gksu, etc) não lhe dará acesso root no servidor.
O problema é que o servidor SFTP dentro do OpenSSH (que é o que o Nautilus está conectando) não suporta comandos como sudo
- não é um ambiente shell. O que você está pedindo simples não é possível através dos mecanismos padrão.
No entanto, você não está sem opções. Não sei ao certo como você está familiarizado com o SSH, mas pode fazer o encapsulamento de portas através de uma conexão para poder se conectar normalmente, executar um servidor FTP simples como root e encapsular tudo isso de volta ao seu computador por SSH. Soa horrível, mas é bastante simples.
No servidor, execute:
# newer Ubuntu installs:
sudo apt-get install python-pyftpdlib
# older Ubuntu installs
sudo apt-get install python-pip
sudo pip install pyftpdlib
Em seguida, a partir do seu computador, basta executar um comando curto do SSH:
# If you installed with pip
ssh -tL localhost:2121:localhost:2121 -L localhost:21212:localhost:21212 user@server "sudo python -m pyftpdlib -i localhost -w -p 2121 -r 21212-21212 -d /"
# If you installed with apt-get (and pyftpdlib is pre-1.3, true in 13.10)
ssh -tL localhost:2121:localhost:2121 -L localhost:21212:localhost:21212 user@server "sudo python -m pyftpdlib.ftpserver -i localhost -w -p 2121 -r 21212-21212 -d /"
E, em seguida, no Nautilus (no seu computador), conecte-se a ftp://localhost:2121
. A mágica do SSH irá encaminhar isso para o servidor FTP rodando como root.
Existem outros protocolos (passei algum tempo à procura de um melhor), mas o FTP é o mais fácil de instalar e funcionar, graças em grande parte a pyftpdlib
. Você poderia fazer coisas parecidas com o webdav et al, tenho certeza ... Seria muito mais hacking.