Como @Zanna disse em um comentário, você pode usar sudo apt autoremove .
Isso remove automaticamente pacotes órfãos ou pacotes que não são necessários ao sistema.
myuser@mypc:~$ sudo apt autoremove
[insert apt output here]
myuser@mypc:~$
Todos os pacotes não removidos por autoremove são requeridos pelo seu sistema.
Não tente remover pacotes que você acha que são inúteis. Você pode bloquear seu sistema tentando isso.
A página da web MATE Desktop GTK2 vs GTK3 consumo de memória por O líder de projeto da Canonical para o Ubuntu MATE, Martin Wimpress, tem uma lista de pacotes usados no teste de memória do Ubuntu MATE 16.04. Pode não ser uma boa ideia remover qualquer um desses pacotes.