Pessoalmente, descobri que aprender a usar o terminal (linha de comando) é um dos aspectos mais importantes para se familiarizar com o Linux. Não só é uma ferramenta poderosa para fazer as coisas, mas também me forçou a aprender mais sobre o Linux em geral, o que me levou a pesquisar novas questões e idéias. Foi descrito para mim como "Se você não pode fazer isso no terminal, não pode ser feito, ponto final".
Eu usei o seguinte recurso para começar a aprender como usar o terminal:
link
Além disso, o Codecademy tem uma seção para aprender a usar o terminal.
Aqui está minha sugestão, de um iniciante a outro, na próxima vez que você quiser fazer algo no seu computador, use o Google e veja como ele é feito a partir do terminal. Pratique a criação de novas pastas, a movimentação e a renomeação de arquivos, tente compilar um programa simples a partir da fonte, aprenda como usar o terminal para reproduzir música, abrir imagens, formatar um flashdrive. Leia as páginas do manual e familiarize-se com as leituras (assim você pega o jeito da sintaxe; comandos, opções, argumentos).
Na minha opinião, não há melhor maneira de aprender do que ser prático. Divirta-se!