O motivo provável é que o plug-in do Flash não pode aproveitar qualquer tipo de aceleração de hardware suportada pelo driver da placa gráfica. Tudo é então decodificado usando a CPU.
Os drivers Intel presentes em seu sistema permitem que o VLC use sua GPU em vez de sua CPU para renderizar o filme com aceleração de vídeo que é muito melhor por razões óbvias.
Além disso, a API de aceleração de hardware Flash (Stage Video) exige que os desenvolvedores realmente adicionem suporte a ela em seus SWFs de player de vídeo.
Se o player de vídeo não tiver suporte a ele, mesmo que a versão do Flash tenha o VA ativado e seus drivers o suportarem (parece que o fazem, já que o VLC aparentemente o está usando), seu vídeo será decodificado pelo CPU.