Isso parece o problema:
deb-src http://55.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates
Você está perdendo a seção de componentes desta linha, deve ser algo como:
deb-src http://55.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main universe
Sua sources.list não tem muitas seções importantes, incluindo atualizações de segurança, eu recomendo que você deixe o /etc/apt/sources.list
sozinho e coloque suas personalizações em um arquivo .list em /etc/apt/sources.list.d/
para não quebrar o arquivo padrão.
Veja também: