Eu uso o handbrake para toda a minha conversão de vídeo.
É muito simples de usar e fácil de descobrir.
nunca tentou mesclar ou dividir arquivos de vídeo, por isso não é possível comentar como ele é manipulado.
mas olhando para este post Nenhum som no arquivo .mp4 convertido com x264
O dmMediaConverter parece que vai fazer o que você quer fazer.