Algo em como o Ubuntu lança arquivos pode ter mudado em uma atualização. Isso significa que os arquivos lançados não têm exatamente a mesma linha de comando que os arquivos vinculados.
Provavelmente, você poderia corrigi-lo clicando com o botão direito na pasta aberta, selecionando Lock to launcher e removendo o ícone original, Normal, clicando com o botão direito do mouse nele e selecionando Unlock from launcher . Então você move o ícone "novo" até a posição do ícone antigo, e ele deve funcionar como antes.