Isso soa como um problema comum com o GnuPG 2.1 e o Ubuntu 16.04. Desde o GnuPG 2.1, o chaveiro privado foi fundido no chaveiro público - resultando em versões anteriores não encontrando mais a chave secreta.
Experimente os dois gpg --list-secret-keys
e gpg2 --list-secret-keys
; Provavelmente, uma mostra a chave, mas não a outra.
Caso contrário, certifique-se de sempre executar o GnuPG (e software relacionado como o Seahorse) sob sua conta de usuário normal e não com o root. O GnuPG gerencia keyrings individuais por usuário do sistema.