php5-sqlite
apenas instala o plug-in do SQlite para php5
. sqlite
e sqlite3
são programas separados e não são php5
plugins.
Execute sudo apt-get install sqlite sqlite3
para instalar ambos os utilitários do cliente SQlite da linha de comandos. Os php5
plugins não precisam dos binários, então eles não são instalados pelo comando apt-get
que você diz que executou.