Basta instalar o Ubuntu novamente e, ao final do procedimento de instalação, ele reinstalará o Grub (o gerenciador de inicialização). Após a reinicialização, você poderá inicializar no Windows ou no novo Ubuntu.
Como alternativa, existe um programa chamado boot-repair que pode restaurar o MBR. Apenas faça o download aqui e siga as instruções de a documentação oficial do Ubuntu .