É perigoso apenas porque você pode excluir arquivos importantes acidentalmente. Em servidores e tal, dar root uma senha pode tornar o computador vulnerável a ataques, já que o todo-poderoso root pode ser acessado para excluir arquivos. O único motivo para fazer o login como root ou usar programas como root é a possibilidade de excluir acidentalmente algo que você não queria que fosse excluído ou modificado.