Para novos usuários, você pode colocar um symlink no diretório desejado em /etc/skel/Desktop . Observe que você pode adaptar o nome do diretório Desktop dependendo da sua localidade.
Para todos os usuários em geral, crie um arquivo .desktop de propriedade raiz na pasta /etc/xdg/autostart para todos os usuários acessarem e, para Exec= line, crie um link simbólico para o programa que você deseja que os usuários acessem. Por exemplo,
bash -c 'ln -s /usr/share/applications/gedit.desktop /home/$USER/Desktop/gedit-link'
Observe que o exemplo acima usa como gedit.desktop apenas como exemplo; adaptar conforme necessário para o seu caso específico. O link será criado na área de trabalho do usuário sempre que fizer login.