Primeiro, você não precisa se preocupar com esses detalhes, a menos que esteja projetando sistemas de arquivos, utilitários de sistema de arquivos, etc .; Ferramentas de sistema como mkfs criam os sistemas de arquivos que você pergunta de maneira apropriada, não importando o tipo de sistema de arquivos. (Se não, isso constitui um bug.)
Se você está perguntando sobre isso por curiosidade, então você praticamente respondeu sua própria pergunta: Se o primeiro setor deve ser reservado, o número de bytes reservados depende do tamanho do setor do dispositivo em discussão. Se a estrutura de dados, como um sistema de arquivos, usa bytes em vez de setores como unidade de medida principal, ela reserva bytes suficientes para cobrir todos os tamanhos de setor prováveis ou arrisca danos caso alguma ferramenta substitua todo o primeiro setor em um disco com setores com mais de 512 bytes.
Mais um ponto: Embora reservar o primeiro setor (ou às vezes vários setores) para o código do boot loader seja comum, não acredito que seja universal - certamente não quando você conta partições que não são do sistema de arquivos. Uma partição estendida, por exemplo, armazena dados de partição em seu primeiro setor. Embora haja espaço não utilizado, um carregador de inicialização de partição que usasse todo o primeiro setor trash ficaria com uma partição estendida. Ouvi dizer que colocar um carregador de boot em uma partição swap do Linux causará problemas, mas nunca investiguei isso em profundidade.