Parece que a atualização do Munin está funcionando. Ele deixa o /etc/apache2/conf.d/munin (softlinks para /etc/munin/apache.conf) na pasta conf.d não usada.
Mova seu softlink para a nova pasta
mv /etc/apache2/conf.d/munin /etc/apache2/conf-enabled/
Isso ainda vai morrer, mas por outro motivo. Apache 2.2 - > Atualização do Apache 2.4, que não usa mais Order allow,deny
e Allow from .....
Encontre todos os itens acima em /etc/munin/apache.conf
e faça algo assim:
Valores antigos
Order allow,deny
Allow from localhost 127.0.0.0/8 ::1
Novos valores
Require local
Se você realmente quiser acessá-lo de alguma outra rede, por exemplo, 192.168.0.0/24, substitua-o por:
Novos valores
Require local
Require ip 192.168.0.0/24
Isso deve fazer você trabalhar.