O Clonezilla é inteligente o suficiente para reconhecer a maioria dos sistemas de arquivos e pular o espaço livre, reduzindo o tamanho da imagem. O utilitário de discos não é tão inteligente e apenas copia tudo. Além disso, o clonezilla pode comprimir ainda mais a imagem, reduzindo ainda mais seu tamanho. Devido à falta desses recursos, o suporte de imagem atual do utilitário de disco gnome não é praticamente utilizável.