O Ubuntu provavelmente está usando o formato de sistema de arquivos ext3 ou ext4 . O Windows não pode reconhecer este formato e não interagirá com drives / partições usando ext* filesystem.
Para acessar seus arquivos entre os dois sistemas, você pode criar uma partição fat32 adicional na unidade e montá-la automaticamente em ambos os sistemas operacionais. AFAIK fat32 é o melhor formato de sistema de arquivos para interoperabilidade entre o Linux e o Windows.