Eu acredito que isso é por design, para notificar o usuário que o programa não está funcionando como esperado.
Não apenas o firefox, todo o aplicativo no Ubuntu exibe o mesmo comportamento.
(muito parecido com a janela Not Responding
no sistema operacional Win)
Se você quiser, pode desligá-lo, aqui estão duas maneiras
Como desativar o efeito de atenuação da janela do Ubuntu 13.04
Como faço para desativar o recurso em que uma janela aparece quando está pensando?