Edite seu debian/rules para incluir uma substituição de dh_auto_build e dh_auto_install :
#!/usr/bin/make -f
%:
dh "$@"
override_dh_auto_build:
cd $(CURDIR) && make
override_dh_auto_install:
cd $(CURDIR) && make install
cd $(CURDIR) && cp ./proj_bin debian/proj/usr/bin
dh_install
Isso pode exigir algumas modificações, mas a idéia básica é chamar seu Makefile do debian/rules e instalar o binário em /usr/bin .
Nota :
- espaços antes dos comandos
cdedhserem guias, não os substitua. - substitua
proj_binpelo seu nome binário (eu assumi apenas um)