O ventilador deve funcionar a toda velocidade de tempos em tempos. Quando a máquina esquentar, a ventoinha funcionará na velocidade máxima para resfriá-la novamente. Isso é uma coisa boa e você não deve tentar mudá-la.
Se você acha que isso está acontecendo com muita frequência, mesmo quando a máquina não está quente, talvez seja necessário ajustar os limites de temperatura padrão. Existe um pequeno programa, ThinkPad Fan Control , que permite fazer isso para os ThinkPads.
Você também deve ler a página Como controlar a velocidade dos fãs em link que é o site para Linux em ThinkPads.