Eu também tive o mesmo problema recentemente com o DockBarX. Para consertar isso, acabei de adicionar um atraso para o aplicativo DockBarX iniciar. Modifique o comando de inicialização para o seguinte:
sh -c "sleep 8 && dockx"
O número 8 é o atraso e pode variar com as máquinas. Portanto, tente um valor menor como 5 primeiro e aumente até que o problema seja resolvido.
O mesmo problema também está ocorrendo com o cais do Cairo. Eles podem usar o seguinte comando de inicialização:
sh -c "sleep 8 && cairo-dock -o"