@Sneetsher me deu a pista, achei que
sudo apt-get install unity-control-center signon gnome-control-center
na verdade consertou o problema, mas só para ter certeza de que nada mais está quebrado, tentei
sudo apt-get install ubuntu-desktop
também. Eu tive que sair e voltar antes que as coisas funcionassem.
Parece ter algo a ver com permissões (embora o que exatamente eu não tenho certeza). Lançar o gnome-control-center a partir da linha de comando não funcionaria, mas ao fazê-lo como faria. Isso também corrigiu os problemas que tive com os controles não funcionarem com o Pulseaudio.