Não há necessidade de "desinstalar" o Ubuntu. Apenas deixe o instalador do Windows apagar seu disco rígido.
Se por algum motivo o Windows não puder apagar o disco, inicialize um CD live (ou USB) do Ubuntu, inicie o GParted e apague o seu disco ( Dispositivo → Criar tabela de partição ... , selecione o tipo msdos ), depois de fazer isso, o instalador do Windows deve funcionar bem.