Eu paro o Apache usando sudo service apache stop . Conceder privilégios 777 recursivos não é recomendado a menos que haja uma necessidade absoluta.
Supondo que você emitiu o comando chmod para o diretório /etc/php5/apache2 , é possível reconfigurar as permissões para o padrão. Aqui está o conteúdo do mesmo diretório no meu sistema que está configurado como um servidor LAMP:
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Apr 4 2012 conf.d -> ../conf.d
-rw-r--r-- 1 root root 67479 Apr 9 2013 php.ini
-rw-r--r-- 1 root root 68428 Jun 13 2012 php.ini.ucf-dist
Você precisaria de chmod os arquivos php.ini e php.ini.ucf.dist com
sudo chmod 644 filename
O erro que você está recebendo do phpMyAdmin é o seu próprio arquivo de configuração - config.inc.php encontrado no nível raiz da sua instalação do phpMyAdmin. O gerenciamento deste arquivo é explicado no Wiki phpMyAdmin aqui .
Para editar o arquivo php.ini , você precisará invocar sudo ao usar seu editor de texto CLI como vi ou pico , como sudo pico /etc/php5/apache2/php.ini