Na minha opinião, você não pode confiar tecnicamente em um PPA. Se ele fizer o upload de uma nova versão de um determinado pacote, você receberá automaticamente o novo. Com isso, um PPA pode tecnicamente substituir qualquer pacote em seu sistema. (Fonte: Artigo alemão em ubuntuusers.de ).
Quando eu instalo um PPA, procuro por sua reputação na web. Eu anoto o que eu uso e desativo assim que eu não precisar mais dos pacotes servidos por ele. Além disso, costumo dar uma olhada nos pacotes oferecidos pelo PPA.
Outra solução que ouvi (que é muito complicada para mim) é adicionar o PPA e instalar o pacote desejado (e SOMENTE o pacote). Depois, um desativa o PPA. Para obter atualizações, o PPA é ativado, APENAS os pacotes desejados são atualizados e o PPA é desativado novamente.