Se eu entendi corretamente, você criou o repositório local com aptly repo create , adicionou alguns pacotes lá e publicou-o com aptly publish repo . O aptly se recusaria a abandonar o repositório local com aptly repo drop se o repositório for publicado. Então você precisa deixar de publicar primeiro com aptly publish drop .
Se o arquivo Release foi quebrado, você pode tentar executar aptly publish update para gerar arquivos de metadados novamente.