Ok, então finalmente resolvi. Eu tive que ter o pacote libusb-dev instalado.
Isso é o que eu fiz:
1) Baixei a fonte e o novo arquivo de dispositivo do Archlinux, descompactei-o e compilei-o.
make linux
2) Copiou o executável e o arquivo do dispositivo para outra pasta (de acordo com o arquivo readme).
sudo cp pk2cmd /usr/local/bin/
sudo cp PK2DeviceFile.dat /usr/share/pk2
3) Alterei privilégios de usuário para o binário (antes de fazer isso eu tive que rodar o pk2cmd como root).
sudo chmod u+s /usr/local/bin/pk2cmd
4) .bashrc atualizado com a linha.
export PATH=$PATH:/usr/share/pk2
E agora funciona:)
mikael@computer:~$ pk2cmd -?v
Executable Version: 1.21.00
Device File Version: 1.63.148
OS Firmware Version: 2.32.00