O problema é que sudo dd if=/dev/sda of=/dev/sdb
copia todo o dispositivo sem importar quais partições e quantas estão lá.
Solução é adicionar parâmetro de contagem
sudo dd if=/dev/sda of=/dev/sdb count=...
para encontrar o número de contagem
fdisk -u -l /dev/sda
em que sda é o disco do qual você está copiando
como count use number na coluna End da última partição que você deseja copiar. E certifique-se de copiar de / para dispositivos corretos.
Outra possibilidade deve ser (eu tenho certeza que isso funciona gostaria de alguma confirmação) copiando a tabela de partições primeiro como está descrito aqui link
e copie apenas a partição desejada com
sudo dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb1
assumindo que você deseja copiar a primeira partição