Quando neste Answer diz "org > gnome > empatia > notificações" significa o esquema em dconf-editor.
Desativar notificações de empatia com o Dconf-Editor
Certifique-se de ter o dconf-tool instalado.
1) Abra uma janela do Terminal e digite:
-
sudo apt-get install dconf-tools
2) Vá para o painel inicial e procure pelo "dconf-editor" para abri-lo
3)Navegueatéoorg.gnome.empathy.notificationsedesmarqueachave"notificações ativadas"
Desativar notificações de empatia com o comando gsettings
Se você preferir ... você pode fazer isso com um comando.
1) Abra uma janela do Terminal e digite:
-
gsettings set org.gnome.Empathy.notifications notifications-enabled false
Espero que ajude.