Você pode desativar usando o editor dconf.
Vá para:
org > gnome > empatia > notificações
e desative as chaves "notificações-habilitar" e "notificações-foco". Funcionou comigo no Ubuntu 13.04.
em 12.10 havia uma guia sobre preferências de empatia que eu poderia configurar notificações em empatia e agora em 13.04 não está mais disponível
Então existe alguma maneira de desativar as notificações ou os balões?
Você pode desativar usando o editor dconf.
Vá para:
org > gnome > empatia > notificações
e desative as chaves "notificações-habilitar" e "notificações-foco". Funcionou comigo no Ubuntu 13.04.