Porque não sabe. Normalmente, os programas procuram arquivos que eles esperam em apenas um número muito limitado de lugares e, em seguida, assumem que o arquivo desapareceu. Não há nenhum traço para apontar o aplicativo no novo local de um arquivo movido.
Talvez o aplicativo sempre faça o download para o diretório atual. Nesse caso, alterar o diretório de trabalho atual para o diretório no qual você moveu os arquivos pode ajudar. Mas seria muito útil se você realmente indicasse o que programa que está executando, o que faz o download.