Não é o comando certo, build-dep carrega a dependência de compilação necessária para compilar o código-fonte do Nautilus, mas eles NÃO são fontes do Nautilus.
Para que eles digitem:
sudo apt-get source nautilus
Ele baixará e extrairá o nautilus na mesma pasta em que você iniciou o apt-get source .
Em um sistema 13.10, agora tenho uma subpasta nautilus-3.8.2 com src .
Alternativamente, você pode obter a fonte Nautilus do pacote do Ubuntu página .