Não encontrei uma resposta direta a por que o Ubuntu não inicializou no disco de 3 TB, mas funcionou em uma unidade de 1 TB, mas eu consegui instalar o Windows 8 e configurar o dual boot com o Ubuntu 12.04, e acho que dá algumas dicas para o assunto.
Com a solução de trabalho, tive meu BIOS definido para o modo de compatibilidade = auto e preferindo o UEFI sobre o legado. Quando instalei o Windows, o BIOS informa a unidade como UEFI e vejo uma partição EFI. Quando eu fazia o Ubuntu, o DVD fazia o boot alternativo (grub like display) que representava um boot UEFI. Eu tinha mudado a inicialização segura para outro sistema operacional, adicionei partições e instalei o Ubuntu.
Eu acho que com a tentativa original eu tive ele inicializando o instalador do Ubuntu como um dispositivo legado. Eu instalei o Windows, mas não consegui fazer o Ubuntu ver o Windows em instalações posteriores, tentei reinstalar o Windows e ele reclamou de uma partição GPT que estava corrompida. Então, eu acho que eu estava misturando Secure Boot e Not, e UEFI e legado.
Desde que meu objetivo final foi dual boot, eu tenho que ir agora. A fonte desta questão foi uma tentativa inicial, onde eu estava apenas para colocar no Ubuntu, enquanto eu estava esperando para obter o Windows.