Você pode definir DEJA_DUP_DEBUG = 1 antes de executar.
Não tenho certeza do que você quer dizer com o modo GTK. Deja Dup está sempre no modo GTK. Você quer dizer como executá-lo manualmente a partir da linha de comando? Se sim, tente isto:
DEJA_DUP_DEBUG = 1 deja-dup --backup