Pode funcionar de qualquer maneira. O problema com a configuração de modo misto é que você precisa ser um especialista para configurá-lo e mantê-lo, especialmente com dois discos rígidos. A cadeia de opções possíveis só se torna muito complexa para tentar descrever on-line ou orientar um indivíduo. O fato de estar funcionando para você agora significa que você conseguiu se deparar com uma solução de trabalho, mas eu não apostaria em continuar trabalhando quando você atualizar.
Em teoria, não há necessidade de converter seu segundo disco de MBR para GPT para inicializar no modo EFI. Seu primeiro disco presumivelmente tem uma partição de sistema EFI (ESP), e quando você instala o Ubuntu, ele deve detectar isso e usá-lo para manter uma versão em modo EFI do GRUB 2. Mesmo que não , você poderia instalar manualmente qualquer carregador de inicialização do modo EFI que você gosta após o fato, e ele deve funcionar. Dito isto, se houver erros em seu firmware específico ou no Ubuntu que causariam problemas com uma configuração mista de MBR / GPT no modo EFI, você poderá converter não-destrutivamente de MBR para GPT usando gdisk (que está no pacote gdisk ou gptfdisk no Ubuntu, mas não me lembro de qual, de improviso).