O wubi é usado para instalar o Ubuntu dentro do windows para que o ubuntu se pareça com qualquer aplicativo dentro do windows e para isso o wui irá instalar o ubuntu usando um sistema de arquivos que o Windows possa entender e com certeza não reconhecerá o EXT2 / 3/4.
Para isso você não pode instalar o uubuntu usign wubi com o sistema de arquivos ext4.
Você tem que instalar o Ubuntu autônomo ou, se quiser manter o Windows, basta instalá-lo junto com o Windows.
Para mais informações e como instalar o Ubuntu, você deve ler Como instalo o Ubuntu?